舰队编组是决定战斗胜负的关键因素。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级到九级基地后能提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排战舰。需舰船位置由蓝图中的定位决定，无法手动调整。为舰队起名时建议避免使用默认名称，自定义名称既能快速识别舰队，也能在PVP中起到迷惑对手的作用。
编组核心思路是根据舰船功能分类搭配。前排能打能扛型如奇美拉基础型、066点满攻防型适合承担主坦角色；中排高攻型推荐大帝、永恒风暴等巡洋舰；后排优先选择卡利斯托鱼雷型或搭载高攻载机的母舰。移动速度是常被忽视的重要属性，舰队整体速度由最慢舰船决定，龟速型如ST59（250移速）与高速型护卫舰（800+移速）混编会大幅拖累机动性。建议将舰船配置为功能互补的两支队伍，主力队侧重攻防平衡，输出队追求高速包夹。
主力舰队构建时前排舰船数量建议不少于6艘，实战中残血舰船会互相轮换承伤。中后排优先选择高攻高血量的巡洋舰，驱逐舰和护卫舰作为次级选择。输出舰队构建时需确保整体移动速度，包夹攻击能无视敌方前排直接打击中后排。增援指令可突破指挥值限制，但要注意增援后曲速航行会转为普通航行。功能性舰船如防空母舰应根据敌方配置灵活编入，维修船在后期效果有限，仅推荐在对抗NPC时使用。
采矿编组需要特殊配置，工程船可与721运输舰混编提升仓储容量。野怪攻略时可采用双舰队策略，主力接战后用垃圾船吸引增援部队形成单挑局面。7级及以上野怪需注意舰载机威胁，8级野怪建议跳过直接挑战9级。中立1级黄色据点适合反复刷经验，但要注意击退舰队后及时撤回。封锁功能可自动刷野怪，3-5级封锁对应不同等级野怪刷新。
计划圈和策略值管理直接影响作战效率。新建计划圈内需有己方单位才能触发曲速航行，高速侦查舰先行到位可缩短主力调动时间。采矿平台能节省计划圈并提供10%-30%采集加成，但会引发矿区争夺。策略值每小时恢复20点，跨计划圈行动消耗翻倍。撤退返航时建议用工程局加速回城，避免暴露基地位置。预制模块无法在战斗后维修，必须返回基地船坞处理。
